Pada 12 November 2012, pihak berkuasa Belize mula mencari McAfee berikutan suatu pembunuhan dilakukan ke atas seorang jirannya iaitu Gregory Viant Faull,[8] seorang ekspatriat Amerika Syarikat yang mati ditemui dengan bekas tembakan pada hari sebelumnya di kediaman Ambergris Caye timur laut Belize.[9][10] McAfee sendiri merasakan Faull merupakan mangsa tidak bernasib baik di mana sebenarnya diri sendiri yang disasarkan dalam pembunuhan ini;[8] Perdana Menteri Beliz Dean Barrow menganggap dakwaan diujarkan McAfee "sangat paranoid bahkan juga gila".[11]

Pada tahun samalah, John melarikan diri dari pemburuan pihak berkuasa Belize.[12][13][14]

John ditangkap selepas pihak tersebut berjaya mendapatkan lokasinya data tertanam dalam gambar paparan laporan wawancara "sulit" bersama Vice Media di sebuah resort di Guatemala.[15] McAfee akhirnya muncul di hadapan orang ramai untuk memohon suaka politik.[16] Beliau ditahan pada 5 Disember 2012 atas percubaan memasuki Guatemala secara haram.[17]